Cuando su novia Leila desaparece durante un crucero por el Caribe, Sean Walker accidentalmente descubre una conspiración nacional. Mientras tanto, el Presidente Elias Martinez decide liberar a un grupo de detenidos, a pesar de la disconformidad de Blake Sterling, el Director Nacional de Inteligencia.
El gobierno trabaja sigilosamente para evaluar la situación y saber el paradero del avión. Mientras, Blake Sterling encierra a Sophia, Sean trata de convencer al FBI de lo que le sucedió y un extraterrestre infiltrado se revela.
Cuando Sophia se niega a revelar los planes de los detenidos, el Presidente Martinez trata de sacarle información voluntariamente a uno de ellos. Mientras tanto, Vicky y Carter mantienen secuestrada a Leila, y la Agente Collier del FBI empieza a sospechar que Sean dice la verdad.
Cuando la Casa Blanca trata contra una amenaza biológica, se dan cuenta que la única esperanza de resolverlo es amenazando a Sophia en un interrogatorio. Mientras tanto, la Agente Collier descubre la vida secreta de Victor al buscar información sobre Leila, y unos agentes del gobierno aparecen de la nada intentando llevarse a Sean.
Mientras el CDC trata de contener el contagio de los cautivos, Martinez y Blake tratan de negociar con Thomas. Mientras, Simon habla son Sophis sobre Thomas y sus perversos planes.
Martinez y Sterling sospechan que hay un traidor cuando alguien dentro de su organización arruina su plan para llegar hasta Thomas. Sean se topa con Madeline, una mujer que sabe de la conspiración, y también está investigando la desaparición e Leila.
Mientras Sophia y Thomas se preparan para su próximo paso en la misión, Sterling comienza a ver conspirados en todas partes, incluso entre su gente. Mientras tanto, Sean y Madeline buscan respuestas tras el secuestro de Leila y las acciones de Michael.
Mientras Martinez interroga a Michael en persona, los superiores de Vicky le entregan una nueva misión.
Dempsey envía a su gente a atrapar a Sean y Leila cuando intentan encontrar a Samantha. Mientras tanto, Sophia se encarga de las personas que no están de acuerdo con su plan.
Mientras Martinez y Blake tratan de descubrir al traidor, Thomas lanza un plan que tendrá consecuencias que harán temblar la tierra. Mientras tanto, Sean y Leila tratan de encontrar a Samantha y evadir a los mercenarios de Dempsey.
Martinez y su jefe de personal ordenan a sus departamentos de inteligencia a determinar la naturaleza del mensaje de Thomas y a quién ha sido enviado. Mientras tanto, Thomas lanza un ataque sorpresa y la Senadora de Alaska Catherine Lewis cuestiona a Martinez sobre Inostranka. Sean y Leila consiguen una pista fresca sobre la ubicación de Samantha.
Mientras Thomas trata de conseguir que los prisioneros de Inostranka se unan a su causa, Sterling trata de impedir que escape con ellos. Mientras tanto, Martinez lidia con la Senadora Lewis, y Michael le dice a Leila que debe elegir entre quedarse con Sean o irse con él y conocer todos los secretos de su gente.